Es el órgano de alta dirección, dependiente del Rectorado; responsable de la conducción y gestión académica de la universidad, tanto en el pregrado como en el posgrado. Coordina con las facultades, departamentos y la escuela de posgrado.

1. Dirigir y ejecutar la política general de formación académica en la universidad, incidiendo en el modelo educativo intercultural.
2. Conducir y supervisar los procesos académicos con la finalidad de garantizar su calidad y concordancia con la misión y metas establecidas en el Estatuto.
3. Promover y desarrollar las necesidades de capacitación permanente del personal docente.
4. Planificar, organizar, dirigir, ejecutar y controlar la implementación de la educación virtual en los procesos de formación profesional, a través de la tecnología de información, redes de computadores y equipamiento necesario.
5. Promover y desarrollar políticas de seguimiento y apoyo al graduado.
6. Proponer los lineamientos para la selección de los postulantes de la universidad a través del examen de admisión, selección preferente y destrezas y otras modalidades alternativas inclusivas.
7. Las demás funciones que la ley N° 30220 Ley Universitaria, el estatuto o el Rector le asigne.